Pembukaan Jurusan Teknik Geofisika diawali dengan rapat Senat ITS pada tahun 2006, kemudian melahirkan SK Rektor Nomor 2858/KO3/PP/2006 tentang pembentukan Prodi Geofisika di Jurusan Fisika FMIPA ITS. Mahasiswa Program Studi Geofisika adalah mahasiwa baru Jurusan Fisika dan semenjak awal menggunakan kurikulum Program Studi Geofisika yang indipenden terhadap kurikulum Jurusan Fisika FMIPA.

Selanjutnya mulai awal tahun 2012, pengelolaan Program Studi Geofisika berada di bawah koordinasi Jurusan Teknik Geomatika, yaitu di Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan (FTSP). Potensi dan kesiapan Program Studi Geofisika melaksanakan Jurusan Teknik Geofisika telah pula ditunjukkan dengan memenangkan berbagai program penelitian kompetisi nasional, baik yang didanai pemerintah maupun swasta. Berbagai hibah penelitian kompetisi nasional seperti Hibah Fundamental dan Hibah Kompetensi telah dimenangkan oleh para dosen Jurusan Teknik Geofisika yang juga aktif di organisasi HAGI, SEG, dan AAPG hingga memperoleh  penghargaan sebagai "AAPG Outstanding Student Chapter Honorable Mention" pada tahun 2009.

Pada tanggal 6 Juli 2012,  berdasarkan SK Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 234/E/O/2012, berdirilah Jurusan Teknik Geofisika berada di bawah Fakultas Teknik Sipil dan Perencanaan. Seleksi mahasiswa pada tahun pertama perkuliahan, dilakukan melalui Program Kemitraan dan Mandiri (PKM) dengan daya tampung 30 mahasiswa.

Kini, berbagai aktivitas penelitian di Departemen Teknik Geofisika telah dapat dilihat hasilnya, yakni berupa publikasi di beberapa jurnal ilmiah nasional dan internasional.